La mission des apprentis samouraïs - Sakura, la kendoka, Léon, le judoka et Logan, le karatéka - continue ! Il est temps pour eux de retrouver la dernière des trois armes de leurs ancêtres samouraïs : le tanto d'Ako. Au dojo de maître Saburo, les enfants découvrent un nouvel indice : un origami en forme de barque. Grâce à leurs anneaux magiques, ils sont projetés dans l'ancien Japon où ils font la connaissance d'une pêcheuse, Otohime, une amie d'Ako. Bientôt, ils apprennent que le poignard est caché dans une grotte sous-marine. Il faudra donc faire un plongeon dans la mer du Japon, pourtant houleuse et mystérieuse... Pour couronner le tout, leur adversaire ninja, toujours sur leur trace, est arrivé en même temps qu'eux, et bien déterminé à leur mettre des bâtons dans les roues. Le temps est compté, et l'enjeu de taille... Les apprentis samouraïs parviendront-ils à remplir leur mission et à démasquer leur rival ninja ?