Des années ont passé depuis que Jen et Kira sont devenus roi et reine de Thra. Corrompus par le pouvoir, ils ne ressentent plus les besoins du monde qu'ils ont autrefois contribué à sauver. Thurma, une jeune élémentaire de feu, est alors chargée de voler un morceau du Dark Crystal pour restaurer le pouvoir de son royaume. En chemin, elle se liera d'amitié avec le jeune Gelfling Kensho, ramenant accidentellement les Seksis et les Mystics. C'est le début d'une incroyable aventure...