Depuis deux ans, l'ex-agent / tueur à gages de la CIA Jason Bourne et sa compagne Marie ont réussi à tromper leurs poursuivants au prix d'une vigilance sans faille, changeant périodiquement d'identité, abandonnant leur résidence à la moindre alerte. Ce paisible village de Goa aurait dû être leur dernier refuge. Fondu dans la cohorte des touristes, le couple s'estimait à l'abri, et Jason croyait voir enfin s'éloigner ses cauchemars...